A pesar de que fueron descubiertas por losholandeses y los ingleses durante los siglos XVII y XVIII, fueron los franceses los primeros europeos en asentarse en el territorio. Llegaron misioneros galos en 1837, los cuales convirtieron al catolcatolicimo a la población local. El misionero francés San Pedro Juan (1803-1841), al ver que las tribus eran caníbales y que la religión que se practicaba imponía el terror, decidió ganarse la confianza de los indígenas, y por ellos murió, exponiéndose su cuerpo en Villa María.
El 5 de abril de 1842, los misioneros solicitaron la protección de Francia después de una rebelión de la población nativa. En abril de 1887, la Reina de Uvea (en la isla de Wallis) firmó un tratado estableciéndose oficialmente el protectorado francés. Los reyes de Sigave y Alo en las islas de Futuna, y Alofí también firmaron un tratado que establecía el protectorado el 16 de febrero de 1888. Las islas fueron puestas bajo la autoridad del Imperio de Nueva Caledonia.
En 1917, los tres reinos tradicionales fueron anexados a Francia y convertidos en la Colonia de Wallis y Futuna, la cual siguió bajo la autoridad de Nueva Caledonia.
Durante la Segunda guerra mundial Wallis fue utilizada como base militar por los aliados en operaciones contra el Imperio del Japón, la isla sufrió leves ataques de la marina imperial japonesa e intento ser invadida entre 1941 y 1943 pero los ataques fueron repelidos. Después votaciones realizadas en las islas en 1959, el archipiélago adquirió el estatuto de ultramar en 1961, terminando así la subordinación de Nueva Caledonia.
Una estación de comunicación por satélite fue inaugurada en 1989, en ese mismo año el gobierno francés anunció la ayuda adicional para la pesca y la agricultura en las islas. A inicios de la década de los 90, la economía local se benefició por la expansión del sector de construcción civil y obras públicas, también con la fundación del Banco de Wallis y Futuna en 1991. Pero, en esa misma época, se estimó que el desempleo en las islas llevó a que más de la mitad de la población migre a Nueva Caledonia, la población que permaneció vive principalmente de empleos públicos y de las remesas enviadas por sus parientes del extranjero. En 1998 casi todas las plantaciones, principalmente de platano fueron destruidas por un ciclón.
